Das Genomics & Transcriptomics Labor

Das "Genomics & Transcriptomics Labor" (GTL) führt als "Core-Facility" Dienstleistungen im Bereich der Nukleinsäureanalytik durch. Das GTL kann mit internen und externen Arbeitsgruppen kooperieren und diese speziell bei molekularbiologischen Fragestellungen unterstützen.

Unsere Angebote reichen von der quantitativen und qualitativen Analyse Ihrer Nukleinsäuren, über Sanger-Sequenzierung bis hin zum Next-Generation Sequencing (NGS). Hierzu stehen sowohl Hochdurchsatzplattformen der Firma Illumina, als auch Long-Read (oft auch Third-Generation Sequencing) Plattformen der Firmen Pacific Biosciences und Oxford Nanopore Technologies zur Verfügung.

Historie

Ein Überblick über die Geschichte des GTL. Die Plattformen für die Sanger Sequenzierungen sind in Grün, die Microarray Plattformen in Blau und die NGS Plattformen in Gelb dargestellt.

1992 gründete das Biologisch-Medizinische Forschungszentrum (BMFZ) ein ‚Molekularbiologisches Zentrallabor (MZL), das im Jahr 2011 zum ‚Genomics & Transcriptomics Labor’ (GTL) umbenannt wurde.

Mit weiteren acht führenden DNA-Sequenzierungszentren in Deutschland waren wir zu dem „Deutschen cDNA-Sequenzierungskonsortium“ zusammengeschlossen und haben am Deutschen Humangenom Projekt in der ersten und zweiten Förderphase mitgewirkt. Auch an den Programmen des sich daran anschließenden Nationalem Genomforschungsnetzes (NGFN-I und NGFN-II) waren wir beteiligt und haben dadurch eine entsprechende Expertise im Bereich der DNA-Sequenzierung aufbauen können.

Die Arbeiten im GTL konzentrieren sich hauptsächlich auf DNA-Sequenzierung und Genexpressionsanalyse. DNA-Microarray-basierte Genexpressionsanalysen führen wir seit 2001 und DNA-Sequenzierungen seit 1992 durch. Die Analysegeräte und die im GTL angesammelte methodische Expertise erlauben eine effiziente Bearbeitung bioanalytischer Fragestellungen mit modernen Technologien, wovon alle interessierten Arbeitsgruppen der Universität profitieren.

Zentrale DNA Sequenzierungseinheit

Der Probendurchsatz im Bereich der DNA Sequenzierung wächst seit vielen Jahren kontinuierlich an. Wir bieten Technik und Expertise in First (Sanger), Next (short read) und Third (long read) Generation Sequencing an. Insgesamt stehen drei Sanger DNA-Sequenziergeräte (ABI 3130XL Genetic Analyzer), drei Next Generation Sequencing (NGS) Geräte (Illumina MiSeq, Illumina HiSeq 3000 und Ion S5) und zwei Long read Technologien (Oxford Nanopore GridIon X5 und Pacific Biosciences Sequel) zur Verfügung. Zwei Pipettierroboter und weitere Spezialgeräte zur qualitativen und quantitativen Analyse der Proben vervollständigen unseren Service für High-Troughput DNA Sequenzierungen. Da zunehmend auch klinisch-relevante Proben untersucht werden, wurde im Jahr 2010 ein entsprechendes Qualitätsmanagementsystem aufgebaut und gemäß DIN EN ISO 9001:2008 Standard zertifiziert.

DNA-Microarrays und Hochdurchsatz DNA-Sequenzierung zur Genexpressionsanalyse

Im Jahr 2001 die erste zentrale DNA-Microarray Plattform im BMFZ etabliert. Im Jahr 2008 hat das BMFZ die Betreuung der Affymetrix Core Facility der Medizinischen Fakultät übernommen; seit 2009 steht eine zweite kommerzielle Array Plattform (Agilent DNA-Microarray Plattform) zur Verfügung.

Die quantitative Erfassung der Genexpression mit Hilfe von Hochdurchsatz DNA-Sequenzierungsverfahren, falls alle Gene eines Organismus untersucht werden sollen. Durch die hochparallele Sequenzierung von cDNA Molekülen können globale Transkiptomanalysen durchgeführt werden, die gegenüber den herkömmlichen DNA-Microarrays deutliche Vorteile haben:

a) NGS Technologien erlauben quantitative und deutlich sensitivere Analysen,
b) sie haben einen deutlich größeren linearen Messbereich,
c) auch unbekannte Gen-Transkripte sowie Spleißvarianten können detektiert werden.

Mithilfe der long read Technologien können sogar direkte RNA-Sequenzierungen oder Sequenzierung von vollständigen cDNA Transkripten durchgeführt werden.

West German Genome Center

Seit dem Jahr 2018 ist das GTL Bestandteil des West German Genome Center. Nähere Informationen hierzu finden Sie undefinedhier.

Nach oben

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
Tel.: +49 211 81-13165
Fax: +49 211 81-11922
Verantwortlich für den Inhalt: E-Mail sendenRedaktionsteam BMFZ