10X Genomics - Single Cell ATAC-Seq
Bei dem 10X Genomics - Single Cell ATAC-Seq Workflow handelt es sich um einen Workflow zur Analyse der Chromatinstruktur in einzelnen Zellen. Hierbei wird zunächst eine Suspension aus vereinzelten Nuclei mit einer Transposase verdaut und anschließend werden die einzelnen Nuclei mit Hilfe des Chromium Controllers zusammen mit einem Gel Bead, welcher verschiedene Barcodes beinhaltet, in winzige Wasser-in-Öl Tröpfchen verpackt. In diesem Reaktionsraum mit einem Volumen von ca. 1 nl werden die nach dem Transposase-Verdau generierten DNA-Fragmente mit den Barcodes versehen und dienen als Grundlage zur Erstellung einer Illumina Library.
Dieser Workflow kann auch mit der Analyse der zellulären Genexpression kombiniert werden ("Multiome"), um Informationen über das zelluläre Transkriptom und die Chromatinstruktur der selben Zelle zu erhalten.
Probenanforderung
Als Ausgangsmaterial wird eine Suspension aus vereinzelten Nuclei benötigt. Diese muss zwei entscheidende Kriterien erfüllen, um qualitativ hochwertige Daten liefern zu können.
Zum Einen dürfen ausschließlich vereinzelte Nuclei in der Suspension vorhanden sein. Sollten Aggregate in der Suspension enthalten sein, müssen diese entfernt werden. Zum Anderen sollten die Nuclei eine möglichst hohe Vitalität aufweisen. In der Suspension sollten nicht mehr als ca. 20 % tote Nuclei enthalten sein. Ein zu hoher Anteil an toten Nuclei, führt zu einem hohen Hintergrund Signal.
Da es sich in diesem Falle bei dem Ausgangsmaterial um Zellmaterial handelt, klären Sie bitte im Vorfeld mit uns ab, ob Ihr Material in unserem Labor bearbeitet werden darf!