Spatial Transcriptomics

Um auch eine ortsaufgelöste Transkriptom Analyse anbieten zu können, verwendet das GTL die Visium Platform der Firna 10X Genomics.

Diese Technologie basiert auf einem Objektträger welcher insgesamt über 4 sog. "capture areas" verfügt. Diese haben eine Größe von  6,5x6,5 mm und sind mit Oligonukleotiden bedeckt. Diese tragen u.a. einen ortsabhängigen Barcode, welcher nach erfolgter Sequenzierung der Zuweisung der reads zu einer Stelle aus dem Gewebeschnitt dient. Auf diese "capture areas" können Gewebeschnitte (Dicke ~ 10 µm) platziert werden, hierbei sind sowohl fresh frozen als auch FFPE Schnitte möglich. Diese Schnitte werden dann auf dem Objektträger permeabilisert und dabei werden die intrazellulären RNA Moleküle freigesetzt. Der polyadenylierte Teil der RNAs kann dann an die ortsabhängigen Barcodes binden. Anschließend erfolgt eine cDNA Synthese auf dem Objektträger. Mittels Denaturierung erfolgt die Ablösung der cDNA Moleküle von dem Objektträger. Danach wird die cDNA amplifiziert und in eine Illumina-kompatible Bibliothek prozessiert.

Vorab ist es ggf. notwendig mit Hilfe eines sog. "Tissue Optimization Experiment" die für das jeweilige Gewebe ideale Permeabilisierungszeit zu bestimmen. Bitte beachten Sie dass FFPE Material nur mit einem Sonden-basierten Ansatz bearbeitet werden kann. Daher ist dieser Ansatz auf Mensch und Maus als Organismusm beschränkt.