Kapillargelelektrophorese
Fragment Analyzer (Agilent Technologies)
Der Fragment Analyzer von AATI ist ein fluoreszenzbasiertes Kapillarelektrophoresesystem, mit dem man bis zu 11 Proben (DNA, RNA, Proteine) parallel der Größe nach auftrennen und quantifizieren kann. Durch die Verwendung eines interkalierenden Fluoreszenzfarbstoffes können geringe Mengen an Ausgangsmaterial in einem niedrigen Probenvolumen (2 µL) analysiert werden. Der Fragment Analyzer liefert ähnlich wie der Bioanalyzer Qualitätsparameter für RNA Proben (RNA Quality Number; RQN). Zudem bietet der Fragment Analyzer die Möglichkeit auch sehr große genomische DNA Fragmente hinsichtlich ihrer Integrität zu beurteilen. Für die Analyse hochmolekularer genomischer DNA (bis zu 50.000 bp) kann ebenfalls ein Qualitätswert (DNA Quality Number; DQN) ermittelt werden.
- Kapillarelektrophorese zur Qualitätskontrolle von RNA und DNA (u.a. NGS-Bibliotheken, Amplikons) sowie hochmolekularer gDNA (FFPE gDNA-Analyse; Analyse von gDNA zur ‚Long Read‘ NGS-Sequenzierung; etc.)
- 12-Kapillarsystem mit 33 cm Trennstrecke
- Auflösung 10 bp bis 50000 bp (für DNA)
- Detektionslimit 5 pg/μl (nur für definierte Peaks im DNF-474 NGS HS Assay)
- Hohe Flexibilität durch Einsatz unterschiedlicher Gelmatrices
- Qualitative sowie quantitative Analysemodi
- Standardisierte Vergabe von Integritäts- bzw. Qualitätsscores für RNA und DNA
verfügbare Assays
| Assay | Art | Konzentration | Sizing range [bp] | Proben /Lauf |
|---|---|---|---|---|
| DNF-471 Standard Sensitivity RNA Assay | totalRNA | 10 - 500 ng/µl | 200 - 6.000 | 1 - 11 |
| mRNA | 10 - 500 ng/µl | |||
| DNF-472 High Sensitivity RNA Assay | totalRNA | 250 - 5.000 pg/µl | 200 - 6.000 | 1 - 11 |
| mRNA | 500 - 5.000 pg/µl | |||
| DNF-474 High Sensitivity NGS Fragment Analysis Kit | definierter Peak | 50 - 500 pg/µl | 100 - 6.000 | 1 - 11 |
| smear analysis | 250 - 5.000 pg/µl | |||
| DNF-464 High Sensitivity Genomic large fragment 50kb DNA Analysis Kit | smear analysis | 50 - 5.000 pg/µl gDNA (Optimum 1ng/µl) | 75 - 48.500 | 1 - 11 |
| DNF-467 genomic DNA 50 kb Kit | smear analysis | 25 - 250 ng/µl | 75 - 60.000 | 1 - 11 |
Femto Pulse (Agilent Technologies)
Der Agilent Technologies Femto Pulse System ist ein Fluoreszenz basiertes Kapillargelelektrophorese System zur parallelen Auftrennung und Qunatifizierung von bis zu 11 Proben (DNA und RNA).
Aufgrund einer Puls-Feld ähnlichen Auftrennung kann das Gerät hochmolekulare DNA Fragmente (bis zu 165 kb) auftrennen und zudem lassen sich Nukleinsäurekonzentrationen im Femtogramm Bereich nachweisen (Minimum 50 fg/μl).
Diese Eigenschaften machen das Gerät zum idealen QC Analysesystem für Applikationen im long-read, gDNA, smallRNA oder cfDNA Bereich sowie für Proben mit wenig Material.
- Kapillargelelektrophorese Einheit zur Qualitätskontrolle für RNA und DNA mit dem Fokus auf hochmolekulare Proben und Proben mit wenig Matrial
- 12-Kapillarsystem (11 Proben und 1 Standard)
- Resolution: bis zu 165 kb
- Detektions Limit: 50 fg/μl
- Hochflexibel durch verschiedene Assay Variante
- Qualitative und quantitative Analysemöglichkeiten
- Standardisierte Vergabe von Integritäts- bzw. Qualitätsscores für RNA und DNA