Workflows/Probenanforderung - Long-Read Sequenzierung

Mit der Single Molecule Real Time (SMRT) Sequenziertechnologie von Pacific Biosciences (PacBio) können über 20.000 Nukleotide und mit dem Nanopore Sequencing von Oxford Nanopore können sogar mehrere hundert kb „am Stück“ sequenziert werden (long reads). Dies ermöglicht ein einfacheres „Zusammensetzen“ der einzelnen DNA Stücke nach der Sequenzierung (de novo Assembly), wodurch im Idealfall vollständig geschlossene Genome erhalten werden. Im Vorteil zu „klassischen“ short read oder Next Generation Sequenzierungstechniken (wie sie z.B. von Illumina angeboten werden), ermöglichen die langen reads eine Überbrückung repetitiver Sequenzen, die uniforme Abdeckung von GC-reichen Regionen und die vollständige Sequenzierung bestimmter Zielregionen. Obwohl die Fehlerrate für einzelne reads für PacBio bei 12-15% und für Nanopore aktuell bei ca. 8% liegt, ermöglicht die zufällige Verteilung der Fehler eine sehr hohe Consensus-Genauigkeit der assemblierten Genome (QV >50). Weiterhin ermöglichen diese Technologien die Detektion von m6A und m4C Basenmodifikationen, welche vor allem in mikrobiellen Genomen zu finden sind. Bei jeder Ganzgenomsequenzierungen dieser Organismen können die Informationen über Basenmodifikationen und die entsprechenden Motive bioinformatisch ausgelesen werden.

Im Folgenden finden Sie eine Auflistung der aktuell am GTL verfügbaren Workflows. Sollte ihr gewünschter Workflow hier nicht aufgeführt sein, undefinedkontaktieren Sie uns bitte.

10X Genomics Workflows & Probenanforderung

FAQ - Long-Read Sequenzierung

Welche Unterlagen brauche ich für einen Long-Read Auftrag?
  • Um eine Long-Read Analyse bei uns in Auftrag zu geben, müssen Sie sich zunächst bei uns undefinedreistrieren und bei Registrierung einmalig unsere Datenschutzerklärung akzeptieren. Danach können Sie einen Auftrag elektronisch erteilen. Neben den Proben brauchen wir folgende Unterlagen zur Bearbeitung Ihrer Proben:

    • einen ausgefüllten Blockzettel als Auftragsformular (inkl. Kostenstelle und GTL-Abrechnungsaccount)
    • das Probeninformationsblatt (dieses Erhalten Sie bei Beauftragung durch unser TSM System automatisch)
    • den undefinedAnalyseauftrag NGS, soweit möglich ausgefüllt (Details werden bei Probenabgabe ergänzt)
    • ggf. eine undefinedFreigabe gemäß GenDG
Was kosten Long-Read Analysen am GTL?
  • Aufgrund der von Projekt zu Projekt stark unterschiedlichen Anforderungen werden Preise für Long-Read Aufträge immer projektspezifisch kalkuliert. Bitte undefinedkontaktieren Sie uns für ein unverbindliches Angebot.

Welche Anforderungen müssen meine Proben erfüllen?
  • Eine Übersicht über die Probenanforderung der jeweiligen Workflows finden Sie auf den Seiten der entsprechenden Workflows (s.o.).

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
Tel.: +49 211 81-13165
Fax: +49 211 81-11922
Verantwortlich für den Inhalt: