Long-Read Sequenzierung

Mit der Single Molecule Real Time (SMRT) Sequenziertechnologie von Pacific Biosciences (PacBio) können über 20.000 Nukleotide und mit dem Nanopore Sequencing von Oxford Nanopore können sogar mehrere hundert kb „am Stück“ sequenziert werden (long reads). Dies ermöglicht ein einfacheres „Zusammensetzen“ der einzelnen DNA Stücke nach der Sequenzierung (de novo Assembly), wodurch im Idealfall vollständig geschlossene Genome erhalten werden. Im Vorteil zu „klassischen“ short read oder Next Generation Sequenzierungstechniken (wie sie z.B. von Illumina angeboten werden), ermöglichen die langen reads eine Überbrückung repetitiver Sequenzen, die uniforme Abdeckung von GC-reichen Regionen und die vollständige Sequenzierung bestimmter Zielregionen. Obwohl die Fehlerrate für einzelne reads für PacBio bei 12-15% und für Nanopore aktuell bei ca. 8% liegt, ermöglicht die zufällige Verteilung der Fehler eine sehr hohe Consensus-Genauigkeit der assemblierten Genome (QV >50). Weiterhin ermöglichen diese Technologien die Detektion von m6A und m4C Basenmodifikationen, welche vor allem in mikrobiellen Genomen zu finden sind. Bei jeder Ganzgenomsequenzierungen dieser Organismen können die Informationen über Basenmodifikationen und die entsprechenden Motive bioinformatisch ausgelesen werden.

Im Folgenden finden Sie eine Auflistung der aktuell am GTL verfügbaren Workflows. Sollte ihr gewünschter Workflow hier nicht aufgeführt sein, Sie uns bitte.