10X Genomics - Linked-reads

Die linked-read Technologie nutzt microfluidics um hochmolekulare gDNA mit Hilfe des undefinedChromium Controllers zu partitionieren und mit Barcodes zu versehen. Dies ermöglicht den Kenntnisgewinn über weit auseinander liegende Loci mit short-read Sequenzierung. Dies ermöglicht die Detektion von größeren Strukturellen Varianten mit Illumina Sequenzierungen sowie das Phasing von Haplotypen und erleichtert die DeNovo Assemblierung von Genomen im Vergleich zu traditionellen Illumina Datensätzen.

Die linked-read Technologie lässt sich für folgende Anwendungen einsetzen:

  • Exome Sequencing (inkl. Detektion großer SVs & Haplotaype Phasing)
  • DeNovo Assembly
  • Genom Sequenzierung (inkl. Detektion großer SVs & Haplotaype Phasing)

Probenanforderung

Um die linked-read Technologie möglichst effizient nutzen zu können, ist hochmolekulare gDNA notwendig. Diese sollte eine mittlere Größe von > 50 kb haben. Insgesamt wird nur ca. 1 ng benötigt. Die OD260/230 und OD260/280 Werte sollten bei ~1.8 bzw. 2.0.-2.2 liegen.

Bitte Beachten Sie, dass die hier aufgeführten Mengen und Volumina die reinen Anforderungen des jeweiligen Kits sind! Um eine Qualitätskontrolle der Probe zu ermöglichen, geben Sie bitte einen ausreichenden Überschuss bei uns ab.

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

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