Nanopore - Direct RNA Sequencing

In diesem Workflow wird die native RNA direkt sequenziert. Zwar wird auch hier die native RNA zunächst in cDNA umgeschrieben. Es erfolgt jedoch nur eine Erststrangsynthese, sodass der native RNA Strang in dem RNA/DNA Hybrid erhalten bleibt. Auf der FlowCell wir dann nur der RNA Strang aus dem RNA/DNA Hybrid sequenziert. Die direkte Sequenzierung nativer RNA ermöglicht neben der Detektion von Spleißvarianten auch die Detektion von epigenetischen Modifikationen auf der RNA. 

Probenanforderung

Bezüglich der Qualität der RNA sollte der OD260/280 bei 2,0 und der OD260/230 bei 2,0-2,2 liegen.

Protokoll

DNA Menge

Multiplex

Volumen

Direct RNA Sequencing

500 ng PolyA+ RNA

--

9 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

Sequence-specific Direct RNA Sequencing

500 ng PolyA+ RNA

--

9 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

Bitte Beachten Sie, dass die hier aufgeführten Mengen und Volumina die reinen Anforderungen des jeweiligen Kits sind! Um eine Qualitätskontrolle der Probe zu ermöglichen, geben Sie bitte einen ausreichenden Überschuss bei uns ab.

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
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