Nanopore - RNA Sequencing

In diesem Workflow wird die RNA nicht direkt sequenziert, sondern zunächst in cDNA umgeschrieben. Durch die Sequenzierung von full-length cDNA in einem read es möglich, alternative Spleißvarianten vollständig zu detektieren und zu unterscheiden. Die Ergebnisse können u.a. zur Genomannotation oder zur Detektion seltener Transkripte und Spleißvarianten verwendet werden.

Probenanforderung

Bezüglich der Qualität der RNA sollte der OD260/280 bei 2,0 und der OD260/230 bei 2,0-2,2 liegen.

Protokoll

DNA Menge

Multiplex

Volumen

Direct cDNA Sequencing

250 ng PolyA+ RNA

bis zu 12

7,5 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

1D PCR barcoding cDNA

50 ng PolyA+ RNA

bis zu 96

8 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

Sequence-specific cDNA-PCR sequencing

50 ng PolyA+ RNA

--

9 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

cDNA-PCR Barcoding

50 ng PolyA+ RNA

bis zu 12

9 µl in neutralem Puffer
(ohne EDTA)

Bitte Beachten Sie, dass die hier aufgeführten Mengen und Volumina die reinen Anforderungen des jeweiligen Kits sind! Um eine Qualitätskontrolle der Probe zu ermöglichen, geben Sie bitte einen ausreichenden Überschuss bei uns ab.

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
Tel.: +49 211 81-13165
Fax: +49 211 81-11922
Verantwortlich für den Inhalt: E-Mail sendenRedaktionsteam BMFZ