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Nanopore - Whole Genome Sequencing

Beim Whole Genome Sequencing mittels Nanopore stehen mit dem Rapid Protokoll und dem Ligations Protokoll zwei verschiedene Protokolle zur Verfügung. Das Rapid Protokoll basiert auf einer Transposase-vermittelten Fragmentierung und ist für eine schnelle und einfache Probenprozessierung optimiert. Aufgrund dessen sind die Kosten für eine Probenprozessierung im Vergleich zu dem Ligations Protokoll geringer, allerdings sind Output und Read-Länge ebenfalls geringer. Bei dem Ligations Protkoll werden die Adapter mittels einer Ligation an die DNA ligiert und eine Fragmentierung ist optional. Daher ist hier der Output und die Read-Länge größer (für den Fall, dass keine Fragmentierung durchgeführt wurde). es können je nach Kit maximal 12 bzw. 24 Proben gemultiplexed werden.

Der Output einer FlowCell hängt maßgeblich von der Qualität, Quantität und der Fragmentlänge des Ausgangsmaterials ab. In der Regel variiert er zwischen 10 und 25 Gb für die GridION Plattform und kann bis zu 100 Gb pro Flow Cell für die PromethION Plattform betragen. Während längere DNA Fragment auch zu längeren reads führen, sinkt jedoch der Gesamtoutput. Kürzere DNA-Fragmente hingegen führen zwar zu kürzeren reads, dafür aber zu einem höherem Gesamtoutput. Da wir für die Ligation etwa 200 fmol gDNA benötigen, variiert die benötigte DNA-Menge in Abhängigkeit von der Fragmentlänge der gDNA.

Die Gesamtkosten hängen maßgeblich von der benötigten Coverage ab. Anbei eine kleine Übersicht über grobe Richtlinien bezüglich der nötigen Coverage. Sie uns bitte für ein projektspezifisches Angebot.

  • Gap Filling: Die Nanopore Reads werden nur verwendet, um Lücken oder Unklarheiten in einem bereits bestehenden short-read scaffold Genom zu überspannen
  • Strukturvarianten (SV) Detektion: Hier wird das de novo assemblierte Genom gegen ein bekanntes Referenzgenom kartiert, um große strukturelle Unterschiede (z.B. Insertionen / Deletionen / Inversionen) zu detektieren
  • Hybrid assembly: Hier werden long und short read Daten in einem assembly kombiniert, um die Fehler beider Ansätze möglichst gering zu halten
  • De novo assembly: Es wird ein komplett neues, qualitativ hochwertiges Genom des Organismus erstellt, im Idealfall mit einer Sequenz pro Chromosom / Plasmid

Bitte beachten Sie unsere Probenanforderungen:

Verantwortlichkeit: