PacBio - Amplicon/16S Sequencing

Hier werden ein bzw. mehrere Stücke aus der DNA gezielt amplifiziert. Dadurch können über Multiplexing Protokolle viele Proben auf einmal bearbeitet werden, wodurch die Kosten deutlich geringer sind als bei Whole Genome Sequencing Protokollen. Es gehen aber auch einige Informationen verloren, z.B. Methylierungsdaten.

Eine besondere Anwendung von Amplicon Sequenzierungen ist das 16S Sequencing zur Bestimmung mikrobieller Spezies aus natürlichen Populationen (Mikrobiom Metagenomics). Durch die lange Readlänge können die 16S Gene vollständig sequenziert werden, während bei short read Sequenziertechniken nur gewisse variable Bereiche abgedeckt werden. Dadurch ergibt sich ein deutlich höheres Auflösungsvermögen für die Speziesbestimmung.

Probenanforderung

Protokoll

DNA Menge

Volumen

Mikrobiom

> 1 ng pro Probe

30-100 µl in neutralem Puffer, z.B. 10 mM Tris pH 8,5 (ohne EDTA)

Panel

250 – 500 ng pro Probe bei mehreren Amplicons pro Probe; weniger bei Multiplexing

30-100 µl in neutralem Puffer, z.B. 10 mM Tris pH 8,5 (ohne EDTA)

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

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