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DNA-Microarray Analysen (Affymetrix Plattform)

Technologie

Affymetrix bietet verschiedene Arten von Arrays an. Ein Überblick über die aktuelle Produktlinie sowie Erläuterungen zur Technologie findet sich auf der Homepage des Herstellers.

Prozedere/Service

Das GTL bietet verschiedene Serviceleistungen für Affymetrix Arrays in Kartuschen an. Gerne unterstützen wir Sie bei der Auswahl der geeigneten Plattform/des geeigneten Arrays sowie bei der Planung der Experimente. Der letztgenannte Punkt ist uns gerade im Hinblick auf eine möglichst effektive Datenauswertung ein besonderes Anliegen. Als Ergebnis erhalten Sie die Rohdaten in Form folgender Formate:

*.jpg File => enthält die Informationen des gescannten Bilds
*.DAT => enthält die Intensitätswerte der einzelnen Pixel des gescannten Bilds
*.CEL => enthält die Intensitätswerte für die einzelnen Sonden auf dem Array, berechnet aus dem DAT-File. Das *.CEL File wird in der Regel zur Auswertung der Daten verwendet.

Ein reiner Hybridisier- und Scanservice ist auf Anfrage möglich. Hierbei werden die Arrays und das bereits synthetisierte und fragmentierte Probenmaterial von Ihnen gestellt. Wir übernehmen den letzten Schritt bestehend aus Hybridisierung, waschen und scannen.

Wir bieten ebenfalls die Auswertung Ihrer bei uns prozessierten Arraydaten an. Sollten Sie Interesse an einer Kooperation haben, so nehmen Sie doch bitte Kontakt mit uns auf.

Anforderung an die Proben

Die Anforderungen an die Proben richten sich nach dem gewählten Service:
Für den Hybridisier- und Scannservice benötigen wir fertig fragmentierte cRNA. Die Vorgehensweise dazu findet sich in den Protokollen für die verschiedenen Assays.
Beim full-service starten wir als Ausgangsmaterial mit totalRNA, welche von Ihnen zur Verfügung gestellt wird. Die Anforderungen an die Proben entnehmen Sie bitte dem PDF Anforderungen an RNA Probenmaterial welches Sie im Downloadbereich finden.

Anmerkungen zur Planung eines Array Experiments

Bei der Planung des Experiments sollten biologische Replikate für die einzelnen Konditionen vorgesehen werden. Wir empfehlen ein Minimum von 4 Replikaten pro zu untersuchender Kondition. Auf diese Weise erhält man zum einen eine robustere Statistik und ist zum anderen gegenüber möglichen Hybridisierausfällen geschützt.
Microarray Experimente sollten dem MIAME Standard entsprechen (Minimum Information About a Microarray Experiment). Weitere Informationen finden Sie hier.

 

Ansprechpartner:


(0211) 81 - 1 04 75


(0211) 81 - 1 43 67

Verantwortlichkeit: