10X Genomics - Single Cell CNV analysis

Bei dem 10X Genomics - Single Cell CNV Workflow handelt es sich um einen Workflow zur Analyse der Copy Number Variation (CNV) in einzelnen Zellen. Hierbei wird zunächst eine Suspension aus vereinzelten Zellen mit Hilfe des undefinedChromium Controllers in winzige Wasser-in-Öl Tröpfchen verpackt. In diesem Reaktionsraum mit einem Volumen von ca. 1 nl werden die Zellen lysiert und enzymatisch behandelt um alle vorhandenen Proteine zu entfernen. Die so generierten Droplets werden dann wiederum mit Hilf des Chromium Controllers zusammen mit Gel Beads, welche verschiedene Barcodes beinhalten, in neue größere Droplets verpackt und wird dort mit Barcodes versehen und amplifiziert. Im Anschluss wird die resultierende Emulsion chemisch gebrochen und die amplifizierte DNA dient als Grundlage für die Erstellung einer Illumina-kompatiblen Library.

Dieser Workflow erlaubt eine CNV-Analyse mit einer Auflösung von 2 Mb in einer einzelnen Zelle bzw. von einigen hundert Kb bei Betrachtung von Zellclustern. Es können pro Probe zwischen 250 und 5,000 Zellen analysiert werden.

Probenanforderung

Als Ausgangsmaterial wird eine Einzelzellsuspension benötigt. Diese muss zwei entscheidende Kriterien erfüllen, um qualitativ hochwertige Daten liefern zu können.

Zum Einen dürfen ausschließlich vereinzelte Zellen in der Suspension vorhanden sein. Sollten Zellaggregate in der Suspension enthalten sein, müssen diese entfernt werden. Zum Anderen sollten die Zellen eine möglichst hohe Vitalität aufweisen. In der Suspension sollten nicht mehr als ca. 20 % tote Zellen enthalten sein. Ein zu hoher Anteil an toten Zellen, führt zu einem hohen Hintergrund Signal. Ggf. ist eine Entfernung der toten Zellen notwendig. 

Nach Eingang der Proben in unserem Labor werden diese einer Qualitätskontrolle unterzogen, bei der sowohl die Zellzahl als auch die Vitalität bestimmt wird.

Da es sich in diesem Falle bei dem Ausgangsmaterial um Zellmaterial handelt, klären Sie bitte im Vorfeld mit uns ab, ob Ihr Material in unserem Labor bearbeitet werden darf!

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
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