Willkommen auf den Seiten des Genomics & Transcriptomics Labor (GTL)
Das GTL führt als Core Facility qualitative und quantitative DNA und RNA Analysen durch. Das Angebot umfasst neben einer umfassenden Qualitätskontrolle (QC) von Nukleinsäuren, klassische Sanger-Sequenzierungen und Fragmentanalysen, sowie Next-Generation Sequencing (NGS) Analysen auf NGS short-read (Illumina) und long-read (Oxford Nanopore / PacBio) Plattformen. Außerdem führen wir mit unterschiedlichen Technologien Single Cell und Spatial Transcriptomics Analysen durch (10X Genomics, Becton Dickinson, Parse). Für eine primäre und sekundäre Datenanalyse der Ergebnisse bietet das GTL ebenfalls Unterstützung an.
Das GTL ist in dem DFG Informationsportal zu wissenschaftlichen Forschungsinfrastrukturen (RIsources) als Gerätezentrum gelistet, das Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern Ressourcen und Dienstleistungen zur Planung und Durchführung von Forschungsvorhaben bereitstellt.
Das GTL fungiert auch als NGS Produktionsstandort im Rahmen des West German Genome Center (WGGC) in Zusammenarbeit mit den Universitäten Köln und Bonn.
Folgende Dienstleistungen werden am GTL angeboten
Neuigkeiten
Neues PacBio Revio long-read Sequenziersystem verfügbar
Das neueste long-read Sequenziersystem von PacBio (Revio) ist im Genomics & Transcriptomics Laboratory (GTL) angekommen und die ersten humanen und pflanzlichen Proben wurde damit erfolgreich analysiert!
Das neue Revio System liefert mit seinen 25 Millionen Zero Mode Waveguides (ZMW) pro SMRT Cell einen bis zu 3-fach höheren Daten-Output als die bisher verfügbaren Sequel-II/IIe Geräte. Dadurch, sowie durch die parallele Sequenzierung von bis zu 4 SMRT Cells, ist ein deutlich höherer Probendurchsatz möglich.
Da die Kosten für eine Sequenzierungsanalyse auf dem neuen Revio Gerät gegenüber dem Vorgängermodel (Sequel-II) kaum gestiegen sind, sind auch die Kosten pro Probe jetzt deutlich niedriger.
Das neue Revio System ist ein 5-Basen Sequenziergerät. Zusätzlich zu der 4-Basen Primärsequenz der Proben, liefert das System die Information zu einer möglichen 5mC Modifikation (5. Base). Dies ist möglich, weil es sich um eine Einzelmolekül-Sequenzierungstechnologie handelt, die keine PCR-Amplifikationsschritte benötigt
Trotzdem ist die Qualität der erhaltenen Sequenzierdaten enorm hoch (> Q30)!
Da die PacBio Sequenzierungstechnologie bei Standard Input-Mengen ohne PCR-Amplifikationsschritte auskommt, lassen sich damit auch sehr schwierige Genombereiche (dark regions oft the genome), die mit short-read NGS-Technologien nicht sequenziert werden können, analysieren.
Der Hauptanwendungsbereich des Revio Systems ist die de novo Sequenzierung von Genomen. Die PacBio long-read Sequenzierungstechnologie ist aber auch geeignet für die Sequenzierung langer Amplikons, für die Sequenzierung von volle-Länge cDNA Bibliotheken (Iso-Seq), für 16S Komplettsequenzierungen und für die Sequenzierung von single-cell Bibliotheken, zur Identifizierung von Isoformen in Zellsubpopulationen (MAS-Seq).
Für weitere Informationen kontaktieren Sie das PacBio long-read Team des GTL:
Dr. Francy Johanna Pérez llanos
Dr. Patrick Petzsch
Anja Schuster
Neue DFG Fördermöglichkeiten Hochdurchsatzsequenzierung
Hinweis: Die DFG eröffnet weitere Möglichkeiten zur Beantragung von NGS Sequenzierkosten in Projekten!
Für Forschungsprojekte mit hohen NGS Sequenzierkosten bietet die DFG ab sofort die Möglichkeit einer sog. „Infrastrukturellen Co-Antragstellung“ mit akademischen Sequenziereinrichtungen. Anders als bei der bisherigen DFG Förderinitiative Hochdurchsatzsequenzierung (Next Generation Sequencing, NGS), ist die Wahl des Sequenzierungszentrums hier frei durch den Hauptantragsteller wählbar. Das GTL besitzt als DFG-konforme und gelistete Forschungsinfrastruktur (RIsources) die Voraussetzungen dazu und steht als Co-Antragsteller zur Verfügung.
Weiterführende Informationen dazu auf der DFG-Homepage.
Preisanpassung Sangersequenzierung & Fragmentanalyse
Für die Fragmentanalyse und die Sangersequenzierung stehen ab Januar 2024 mit dem SeqStudioTM und dem SeqStudioTM Flex zwei neue Sequenziergeräte zur Verfügung. Wegen der gestiegenen Kosten erfolgten entsprechende Preisanpassungen.
