PacBio - Amplicon/16S Sequencing

Hier werden ein bzw. mehrere Stücke aus der DNA gezielt amplifiziert. Dadurch können über Multiplexing Protokolle viele Proben auf einmal bearbeitet werden, wodurch die Kosten deutlich geringer sind im Vergleich zu Whole Genome Sequencing Protokollen. Es gehen aber auch einige Informationen verloren, z.B. Methylierungsdaten. Amplikons von bis zu 15kb können sequenziert werden. Um verschiedene Amplikons poolen zu können, müssen diese von ähnlicher Größe sein.

Eine besondere Anwendung von Amplicon Sequenzierungen ist das 16S Sequencing zur Bestimmung mikrobieller Spezies aus natürlichen Populationen (Mikrobiom Metagenomics). Durch die lange Readlänge können die 16S Gene vollständig sequenziert werden, während bei short read Sequenziertechniken nur gewisse variable Bereiche abgedeckt werden. Dadurch ergibt sich ein deutlich höheres Auflösungsvermögen für die Speziesbestimmung.