Nanopore - Amplicon/16S Sequencing

Bei dem Amplicon Sequencing werden ein bzw. mehrere Abschnitte der DNA gezielt amplifiziert. Dadurch können über Multiplexing Protokolle viele Proben auf einmal bearbeitet werden, wodurch die Kosten deutlich geringer sind als bei Whole Genome Sequencing Protokollen. Es gehen aber auch einige Informationen verloren, z.B. Methylierungsdaten.

Eine besondere Anwendung von Amplicon Sequenzierungen ist das 16S Sequencing zur Bestimmung mikrobieller Spezies aus natürlichen Populationen (Mikrobiom Metagenomics). Durch die lange Readlänge können die 16S Gene vollständig sequenziert werden, während bei short read Sequenziertechniken nur gewisse variable Bereiche abgedeckt werden. Dadurch ergibt sich ein deutlich höheres Auflösungsvermögen für die Speziesbestimmung.