PacBio - RNA Sequencing

RNA kann mit dem PacBio System nicht direkt sequenziert werden, sondern wird zunächst in cDNA umgeschrieben. Durch die langen reads ist es jedoch möglich, alternative Spleißvarianten vollständig zu detektieren und zu unterscheiden. Je nach Größe der zu untersuchenden Templates kann ein size-selection Schritt notwendig sein. Die Ergebnisse können u.a. zur Genomannotation oder zur Detektion seltener Transkripte verwendet werden. Die benötigte Anzahl an SMRT Cells kann undefinedhier berechnet werden.

Probenanforderung

Protokoll

DNA Menge

Volumen

Iso-Seq

300 ng / µl pro Probe

30-100 µl in nucleasefreiem Wasser

Leiter des GTL

Prof. Dr. Karl Köhrer

Biologisch-Medizinisches Forschungszentrum (BMFZ) Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf Universitätsstr. 1 40225 Düsseldorf
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