BD Rhapsody - WTA Single Cell Gene Expression analysis
Bei dem BD Rhapsody - WTA Single Cell Gene Expression analysis Workflow handelt es sich um einen Workflow zur Analyse der Genexpression in einzelnen Zellen. Hierzu werden einzelne Zellen mit Hilfe des Rhapsody auf einer microwell cartridge zusammen mit einem Bead, welcher verschiedene Barcodes beinhaltet, vereinzelt. In diesem Reaktionsraum wird die Zelle lysiert und die mRNA-Moleküle über Ihren polyA-Schwanz mit den in dem Bead vorhandenen Barcodes versehen und in cDNA umgeschrieben. Im Anschluss wird die resultierende cDNA sequenzunabhängig amplifiziertund daraus wird dann eine Illumina-kompatible Library erstellt. Nach der Sequenzierung lassen sich die Sequenzen dann bioinformatisch anhand der angefügten Barcodes den einzelnen Zellen bzw. Transkripten zuordnen.
Auf einer Cartridge des Chromium Controllers lassen sich maximal 1 Probe parallel bearbeiten. Für jede Probe können zwischen 500 und 30,000 Zellen analysiert werden. Dabei werden ca. 66% der eingesetzten Zellen tatsächlich analysiert. D.h. sollen für eine Probe 10,000 Zellen analysiert werden, sind als Ausgangsmaterial 16,000 Zellen nötig.
Da diese Technologie nicht auf einem microfludic chip basiert, durch den die Zellen gepumpt werden, ist sie besonders für fragile Zellen geeignet. Außerdem zeichnet sich die Rhapsody Plattform durch eine geringere Doublet Rate aus und es ist möglich nur ein Teil der prozessierten Zellen zu sequenzieren.
Probenanforderung
Als Ausgangsmaterial wird eine Einzelzellsuspension benötigt. Diese muss zwei entscheidende Kriterien erfüllen, um qualitativ hochwertige Daten liefern zu können.
Zum Einen dürfen ausschließlich vereinzelte Zellen in der Suspension vorhanden sein. Sollten Zellaggregate in der Suspension enthalten sein, müssen diese entfernt werden. Zum Anderen sollten die Zellen eine möglichst hohe Vitalität aufweisen. In der Suspension sollten nicht mehr als ca. 20 % tote Zellen enthalten sein. Ein zu hoher Anteil an toten Zellen, führt zu einem hohen Hintergrund Signal. Ggf. ist eine Entfernung der toten Zellen notwendig.
Nach Eingang der Proben in unserem Labor werden diese einer Qualitätskontrolle unterzogen, bei der sowohl die Zellzahl als auch die Vitalität bestimmt wird.
Da es sich in diesem Falle bei dem Ausgangsmaterial um Zellmaterial handelt, klären Sie bitte im Vorfeld mit uns ab, ob Ihr Material in unserem Labor bearbeitet werden darf!